بنا برخاطرات و گفته های نزدیکان و شاگردان حضرت امام، امام از ابتدای دوران جوانی و ورود به اجتماع، در کنار عشق و مودت به منسوبان، مواظب بودند اطرافیان دخالتی در شیوه زعامت و رهبری ایشان نداشته باشند.

نقل است در سال‌هایی که حضرت امام به عنوان یک مدرس مطرح دروس در حوزه شناخته می شدند، فرزندشان مرحوم آقا مصطفی خوابی می بیند که حاکی از عظمت شأن پدر در جمع علما و دانشمندان بزرگ تاریخ اسلام بوده است.

مرحوم علی دوانی در خاطرات خود می گوید: مهمانان دور کرسی نشسته بودند فقط آقا مصطفی دورتر نشسته بود. قدری از آبادان صحبت شد. مرحوم حاج آقا عبدالله رو به امام کرد و گفت :«حاج آقا! آقا مصطفی خواب جالبی دیده و برای بعضی ها نقل کرده و این روزها در حوزه مطرح است. شنیده اید؟»

امام گفت:«نه» حاج آقا عبدالله گفت:« اجازه بدهید خودش نقل کند.» امام نگاهی به آقا مصطفی کرد و فرمود:«خواب چه بوده؟» آقا مصطفی خیلی اهل حرف بود. مع الوصف از هیبت پدر خود را جمع و جور کرد و گفت: هفته پیش شبی خواب دیدم تمام فلاسفه و حکمای مشهور: سقراط، ارسطو، افلاطون، فارابی، ابن سینا، بیرونی، بهمنیار تا صدرالمتألهین و حاج ملاهادی سبزواری، ۱۰ – ۲۰ نفر در یک سالن بزرگ دور تا دور اتاق نشسته اند. من که نام آنها را شنیده بودم و این روزها با افکار آنها در درس سر و کار دارم، با اشتیاق به ترتیب آنها را نگاه می کردم و از نگاه کردن آنها سیر نمی شدم.

یک دفعه دیدم همه آنها با هم از جا بلند شده اند و به طرف درِ ورودی نگاه می کنند. من هم نگاه کردم ببینم چه بود که آنها اینطور برخاستند. دیدم شما وارد شدید. حکما جلو آمدند و با احترام شما را آوردند و در صدر مجلس نشاندند. بعد خودشان دو زانو در جای خود نشستند و همه به شما نگاه می کردند.

در این حال از خواب بیدار شدم. وقتی آقا مصطفی خواب را با بیان شیرینی که داشت نقل می کرد، حاضران لحظه ای به آقا مصطفی و لحظه ای به امام نگاه می کردند. امام طبق معمول سرپایین انداخته بود و گوش می داد.

همین که آقامصطفی ساکت شد، امام سر بلند کرد و پرسید:«این خواب را تو دیدی؟» آقا مصطفی گفت:«بله» امام گفت:«تو غلط کردی!» از این سخن همه به شدت خندیدیم. امام هم تبسمی کرد و گفت:«خواب دیده!» (نقد عمر، ج۲، ص۱۱۵)حضرت امام از ابتدای ورود به عرصه مرجعیت، تحت هیچ عنوانی به فرزندان خود اجازه برنامه ریزی و دستور دادن به اطرافیان برای نحوه اداره دفتر را نمی دادند.

مرحوم آیت الله سید هاشم رسولی محلاتی در خاطرات خود می گوید: وقتی امام از زندان آزاد گردیدند و در یخچال قاضی قم مستقر شدند، نمازجماعت نداشتند و فقط درس داشتند. بعد از مدتی به اصرار طلبه ها، در همان منزل خود، نماز جماعت برگزار می کردند. جمعیت زیادی در این نمازها شرکت می کردند. چندروزی بیشتر از آغاز برگزاری این نمازها نمیگذشت که روزی حاج آقا مصطفی مکبّر مخصوص را صدا کرد و به او گفت:«اعلام کن از فردا هر کس مشکل مالی دارد به اتاق آقای رسولی مراجعه کند.» او هم بلافاصله رفت و اعلام کرد.

به حاج آقا مصطفی گفتم:«خدا پدرت را بیامرزد، چرا مرا گرفتار می کنی، اگر فردا این گداها آمدند،من با آنها چه کار کنم؟» گفت:«من با امام صحبت کرده ام و قرار شده روزی پنجاه تومان بدهند تا بین گداها تقسیم کنید.» بعد به شوخی گفت:«حق کمیسیون من هم یادت نرود.» من حرفهای ایشان را باور کردم و فکر کردم امام واقعاً چنین قولی داده اند، لذا گدای اولی که آمد پنج تومان از جیب خودم دادم و گفتم بعداً از امام می گیریم.

پس از ساعتی برای انجام کاری خدمت ایشان رفته بودم که در آن میان، قضیه را برایشان عرض کردم. گفتم:«آقا مصطفی ـ آن موقع هنوز وی به مکه نرفته بود ـ گفتند که قرار شده روزی پنجاه تومن شما به این گداها بدهید.» ایشان در پاسخ فرمودند:«آقا مصطفی درویش است؛ شما گوش به حرف آقا مصطفی ندهید.» گفتم:«آقا! من روی حرف آقا مصطفی پنج تومان به یکی از گداها داده ام.» حضرت امام دست به جیبش کرد و پنج تومان بیرون آورد و به من داد و گفت: «این را بگیر، ولی دیگر من برای گداها هیچ پولی نمی دهم.». (خاطرات سید هاشم رسولی محلاتی، ص۶۹)

در روز دوم فروردین ۱۳۴۲ که مأموران رژیم به مدرسه فیضیه هجوم برده بودند، به امام خبر دادند ممکن است کماندوها به داخل خانه امام بیایند. لذا خوب است درِ خانه را ببندیم. در آن روزها جمعیت زیادی هم به خانه آقا آمده بودند و جا خیلی کم بود. به محض اینکه امام حرف بستن در خانه را شنیدند، از جا بلند شدند و با ناراحتی هرچه تمامتر فرمودند:« چه کسی میخواهد درِ خانه مرا ببندد؟ هر که میخواهد در خانه من را ببندد، خودش برود بیرون. خانه مال من است، درِ خانه من هم باید باز باشد. کسی هم حق ندارد که درِ خانه من را ببندد.» 

آقا مصطفی گفتند:«در اتاق را ببندیم تا آقایان از آن در رفت و آمد نکنند.» در این هنگام امام متوجه شدند که در اتاق بسته شده است. فرمودند:«چه کسی در اتاق را بسته؟» همه با ناراحتی گفتند: آقای حاج آقا مصطفی دستور دادند. امام فرمودند: بیخود دستور داده.

مصطفی را بیرونش کنید از منزل من، چرا در مسایل منزل من دخالت می‌کند؟ تمام درهای اتاق را باز کنید. بگذارید مردم راحت باشند، آرام باشند و هر جا که دلشان میخواهد، بروند و بیایند. درِ خانه من باید باز باشد. (برداشتهایی از سیره امام خمینی، ج ۴،ص ۲۶۲) امام به شخصیت علمی فرزندشان احترام می گذاشتند.

مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی را یک صاحب نظر و یک فیلسوف و مجتهد می شناختند ولی هیچگاه اجازه نمی دادند آن مرحوم در خط مشی مبارزاتی ایشان دخالت کند و حتی اجازه سخنگویی از طرف خودشان را به والاترین و برجسته ترین شخص مثل مرحوم حاج آقا مصطفی نمی دادند.(برداشتهایی از سیره امام خمینی، ج ۴،ص۲۶۲ )حضرت امام در دوران تبعید در عراق با فرزندان و اطرافیان خود مثل سایرین برخورد می کردند.

یکی از اعضای دفتر امام در نجف می گوید:امام در نجف که بودند چون خرج در نجف زیاد بود به آقای شیخ عبدالعلی قرهی فرموده بودند که ماهی سی دینار خرج منزل آقا مصطفی بکن. با آن وضعیتی که در نجف بود این سی دینار کفاف زندگی ایشان را نمی کرد و خیلی سخت بود، آقا مصطفی خدمت آقای (آیت الله) حکیم رفتند و آقای (آیت الله) حکیم اظهار لطف کردند و شش دینار ماهانه قرار شد به مرحوم آقا مصطفی شهریه بدهند.

مطلب که به امام رسید ایشان به آقای قرهی فرمودند: از این ماه به مصطفی، ماهی بیست و چهار دینار بدهید.» آقا مصطفی به امام عرض کرد آقا چرا اینطور کردید؟ امام دست در جیبشان کرده و کلیدی را در آوردند و فرمودند:«این کلید صندوق تو برو هرچقدر میخواهی بردار! من نمی خواهم به جهنم بروم تو اگر میخواهی به جهنم بروی، برو»(برداشتهایی از سیره امام خمینی، ج۲ ،ص ۸۵)

و یا زمانی که حاج سید احمدآقا تصمیم می گیرد برای منزل امام در نجف اشتراک تلفن بگیرد و به اعضای دفتر می نویسد پول آن را خودم می دهم ، ایشان در نامه ای خطاب به او می نویسند: راجع به تلفن‏‎ چیزی‏‎ ‎‏ننویسید که: تلفن بکشید خرجش را می دهم.

من تلفن نمی کشم و شما هم چیزی جز مال‏‎ ‎‏فقرا ندارید و خوب است از حالا ملاحظۀ وجوه شرعیه را تمرین کنید و زیاده روی را‏‎ ‎‏احتراز نمایید. (صحیفه امام،ج۲، ص۲۱۵)ایشان پس از پیروزی انقلاب نیز اطرافیان را از دخالت در امور نهی کرده و خطاب به قضات دادگاه های انقلاب می فرمایند:«اگر از طرف من توصیه آوردند به دیوار بزنید» (صحیفه امام ج۱، ص ۲۷۲)

همچنین در اواخر آذرماه ۱۳۵۸ بعد از شروع غائله حزب خلق مسلمان در تبریز و تجمع گروهی از مردم آذربایجان در قم برای حمایت از مرحوم آیت الله سید کاظم شریعتمداری، حضرت امام خطاب به افراد دفتر خود نوشتند:‏‏‏ «دفتر و اشخاصی که در بیرونی هستند و هر کس به من ارتباط دارد حق ندارد که در‏‎ ‎‏مسائل روز و قضایای تبریز و غیرها دخالت کند، و حرفی تلفنی یا به غیرآن بزند؛در‏‎ ‎‏صورت تخلف، مؤاخذه خواهند شد».‏(صحیفه امام، ج۱۱، ص۳۵۶)

حضرت امام در زمان ریاست جمهوری دکتر سید ابوالحسن بنی صدر هم که اختلافات سیاسی در کشور بالا گرفته بود، در نامه ای خطاب به اعضای دفتر خود می‌فرمایند: من اخطار می کنم که به تمام کسانی که در دفتر هستند و یا در دفتر و منزل اینجانب‏‎ ‎‏می آیند که باید با کمال بیطرفی و بی نظری عمل کنند، و هیچ گفتار یا کرداری که از آن‏‎ ‎‏انتزاع طرفداری از اشخاص یا گروهها و مخالفت با اشخاص، یا گروهها گردد به جا‏‎ ‎‏نیاورند؛ و تخلف از این امر، مخالف شرع و مصلحت انقلاب اسلامی است؛ و کسانی که‏‎ ‎‏بخواهند تخلف کنند نباید در دفتر یا منزل اینجانب بمانند.

و نیز به پاسداران اطراف منزل‏‎ ‎‏اخطار می کنم که حق ندارند تعرض و خلاف آداب اسلامی با اشخاص از هر گروهی‏‎ ‎‏هستند، روحانیون معظم و شخصیتهای دولتی و انقلابی، رفتار کنند.‏ (صحیفه امام، ج۱۲، ص۲۲۸)

ایشان هنگامی هم که مطلع می شوند یکی از اعضای دفتر در تبلیغات انتخاباتی خود برای نمایندگی مجلس از عنوان دفتر امام استفاده کرده است با او برخورد می کنند.

حجت الاسلام والمسلمین علی اکبر آشتیانی می گوید: یک بار تصمیم داشتم که در انتخابات مجلس شورای اسلامی شرکت کنم. پس از ثبت نام و تهیه مقدمات به آشتیان رفتم و به کارهای مربوط از جمله تبلیغات مشغول شدم. از طرف ستاد انتخاباتی که تشکیل شده بود، پوستری از این جانب به همراه امام تهیه شد.

قصد این بود که آن را در نقاط مختلف شهر نصب کنند و البته این کار طبق مقررات هیچ اشکالی نداشت.چندی بعد حاج احمدآقا از قول امام به من گفتند که معظم له فرموده اند: چرا شما آقای بروجردی را که انتساب به بیت دارند، به منظور سخنرانی به آشتیان برده اید؟ 

باید یادآوری کنم که آقای بروجردی داماد حضرت امام می باشند. من به حاج احمدآقا گفتم:«سلام مرا خدمت امام برسانید و بگویید که من کار خلافی انجام نداده ام. بلکه تنها از عکسی که با حضرتعالی داشتم در قالب پوستر و به منظور تبلیغات، استفاده کردم و این مورد نیز خلاف مقررات انتخابات نیست.

گذشته از آن، نوار سخنرانی آقای بروجردی موجود است که اگر اجازه می فرمایید بفرستم تا مشخص شود که ایشان هیچ سخنی برای من و به منظور انتخاب شدن من ایراد نکرده اند. (برداشتهایی از سیره امام خمینی، ج۴ ،ص۲۶۳ )

حضرت امام نه تنها اجازه دخالت در شئون خود را به منسوبان و اطرافیان نداده و مانع از سوءاستفاده آن ها از انتساب به ایشان می شدند بلکه در صورت مشاهده هرگونه تخلف به شدت با آن برخورد می کردند.

ایشان هنگام ملاقات با مرحوم آیت الله سید محمود طالقانی که نسبت به دستگیری فرزندانش معترض بود خطاب به وی می فرمایند: والله اگر احمد دچار کوچکترین انحرافی باشد وحکمش مرگ باشد، من شخصا او را خواهم کشت.(پابه پای آفتاب، ج۲، ص۲۵)

برهمین مبنا زمانی که متوجه شدند حجت الاسلام و المسلمین حاج سید حسین خمینی فرزند آقا مصطفی سخنان نابجایی گفته است، طی نامه ای خطاب به وی نوشتند: پسرم، حسین خمینی!‏‎ جوانی برای همه خطرهایی دارد که پس از گذشت ایام انسان‏‎ ‎‏متوجه می شود. من میل دارم کسانی که به من مربوط هستند در این کورانهای سیاسی‏‎ ‎‏وارد نشوند.

من امید دارم که شما مجاهدت در تحصیل علوم اسلامی، با تعهد به اخلاق‏‎ ‎‏اسلامی و مهار کردن نفس امارة بالسوء، برای آتیه مورد استفاده واقع شوی.

من علاوه بر‏‎ ‎‏نصیحت پدری پیر به شما امر شرعی می کنم که در این بازیهای سیاسی وارد نشوی و‏‎ ‎‏واجب شرعی است که از این برخوردها احتراز کنی. من به شما امر می کنم که به حوزۀ‏‎ ‎‏علمیۀ قم برگرد و با کوشش به تحصیل علوم اسلامی ـ انسانی بپرداز.

از خداوند تعالی‏‎ ‎‏توفیق شما و همۀ محصلین را خواستارم.‏ ‏ (صحیفه امام، ج۱۴، ص۳۴۵) البته ایشان درچند مکتوب جداگانه نسبت به عدم دخالت فرزندشان سید احمد در امور مربوط به خود شهادت داده و او را شخصی امین و درستکار می دانند که علاقمندان می توانند بامراجعه به صحیفه امام به این مکتوبات دست یابند ولی باید انصاف داشت و اذعان کرد عملکرد مرحوم حاج سید احمد خمینی پس از رحلت حضرت امام بهترین گواه و شاهد است بر عدم سوءاستفاده وی از مقام و منصب پدر؛

چرا که او هنوز یک روز از رحلت پدر نگذشته بود که همه موجودی کلان حساب حضرت امام را در اختیار اعضای شورای مدیریت حوزه های علمیه گذاشت و ریالی از این اموال را درنزد خود نگه نداشت و حتی منزل موروثی حضرت امام در قم را نیز با کسب اجازه از سایر ورثه، در اختیار رهبر معظم انقلاب قرار داد و خودش نیز پس از رحلت حضرت امام، هیچ مقام و منصب سیاسی و حکومتی نپذیرفت و در کمال زهد و فراغت از دنیا، پس از گذشت مدتی کوتاه از رحلت پدر، چشم از این جهان فرو بست.