اجداد امام
امام خمینی از سادات اصیل بوده و نیاکان وی نسب به امام هفتم می برند. بیشتر آنان از مردان فاضل و مبلغ دین بوده و در راه نشر اسلام و مکتب اهل بیت (ع) هجرتها کرده اند و شماری از آنان نیز در این راه به شهادت رسیده اند. با این که به دلیل کمبود منابع خصوصیات زندگی همه نیاکان امام خمینی روشن نیست، اما تا 13 نسل پیش نام اجداد در منابع آمده است.
نسب امام خمینی از سوی پدر به امام موسی بن جعفر (ع) می رسد: سید روح الله فرزند سید مصطفی، فرزند سید احمد، فرزند سید دین علی شاه، فرزند سید صفدر، فرزند سید امیرالدین، فرزند سید حسن، فرزند سید یحیی، فرزند سید عبدالهادی، فرزند سید نوروز شهید، فرزند سید حسن، فرزند سید عبدالغنی، فرزند سید محمد جبل عاملی، فرزند سید حیدر موسوی صفوی نیشابوری از اعقاب سید حمزه فرزند موسی بن جعفر (ع). تا سید حیدر واسطه ها در منابع به طور مشخص ثبت شده است.
سید احمد، جد پدری امام
سید احمد متولد کشمیر هند (اصالتاً نیشابوری) عالمان دینی زمان خود بوده است. حدود سالهای 1240 تا 1250ق، به قصد زیارت و تجدید دیدار دوستان به کربلا و نجف رفت. با یوسف خان از اهالی روستای فرفهان خمین، آشنا شد. یوسف خان با دعوت از ایشان، او را به خمین آورد. سید احمد در گسترش فضیلتها و مبارزه با منکرات جدی بود. یک بار در برابر قصد ناروای حاکم کمره در شکستن حریم خانواده ای ایستاد و بدون توجه به نوکر و فراش های والی، او را تهدید به مجازات کرد. او مردی متمول و دارای آب و ملک بود. درب خانه اش به روی همگان باز بود و در راه ماندگان و محرومان در خانه اش اطعام می شدند. سید احمد در 17 رمضان 1257ق با سکینه خانم، دختر محمدحسین بیک از روستای فرفهان ازدواج کرد. تصویری از عقدنامه دردست است. حاصل این پیوند سه دختر به نام صاحبه خانم، آغا بانو خانم و سلطان خانم بود. فرزند چهارم را سیدمصطفی نام نهادند. سید احمد 1285 یا 1286ق. در خمین فوت کرد و پیکرش در کربلای معلی دفن شد.
پدر امام خمینی
سید مصطفی پدر امام خمینی، در 29 رجب ۱۲۷۸ق، 29 بهمن 1241 در خمین متولد شد. پس از به پایان بردن درس های اولیه برای تحصیل به اصفهان رفت. حدود سال ۱۳۰۰ق با هاجر آغا خانم دختر میرزا احمد مجتهد ساکن خمین، ازدواج کرد. حاصل این ازدواج شش فرزند بود: مولود آغا خانم، سید مرتضی پسندیده، سید نورالدین هندی، فاطمه خانم، آغازاده خانم و سید روح الله. سید مصطفی سپس به خمین بازگشت و مرجع امور دینی مردم شد. وی عالمی مردمدار و مظلوم نواز بود و پناهگاه مردم در برابر اشرار و خوانین زورگو به شمار می رفت. سید مصطفی در ۲1 بهمن ۱۲۸۱ش (۱۳۲۰ق) برای ارائه اصلاحاتی در امور منطقه به دیدن عضدالسلطان، والی اراک و حومه میرفت که در میان راه به دست خوانین خمین به شهادت رسید و جنازه اش پس از مدتی به نجف منتقل و در قبرستان وادی السلام دفن گردید.
چهره ای که از آیت الله سید مصطفی مجتهد، پدر امام خمینی، در خاطره های آن دوران، ترسیم شده است، سیمای عالم عامل، شجاع و غیرتمند و مردمی است؛ نه یک روحانی و عالم یکجا نشین، عافیت طلب و اهل وعظ و خطابۀ صِرف، صاحب مسجد و منبر و جماعت و لاغیر! شخصیتی است که شهامت و شجاعت او، بارها یاد و خاطر خانهای خمین و کَمَره و تِیمَره و... را تلخ کرده و خواب را از چشم دنیا بین آنان گرفته بود. البته این شجاعت و روحیۀ ایستادگی فقط در برابر اشرار و خوانین منطقه نبود، بلکه در برابر زورگویان حکومتی و دولتی هم که به نوعی حامیان اشرار و خانهای آن روز بودند، از خود مقاومت نشان داده و مقابله می کرد.
این حمایتهای انسانی و بی دریغ سید مصطفی از مظلومان و ستمدیدگان و قهرش بر ظالمین و ستمکاران، عرصه را بر آنان تنگ کرده و در پی راهی بودند تا از دست سید خلاصی یابند و راه چپاول و غارت را هموار نمایند. از هر راهی وارد شدند، تطمیع، تهدید و ارعاب و... به در بسته خورده و دست رد دیدند و راهی در پیش پای خود ندیدند، جز به سر به نیست کردن آن عالِم ِعامِل و آگاه که سرانجام به شهادتش!
سید مصطفی تصمیم گرفت با عضدالسلطان والی «سلطان آباد» قدیم و «اراک» فعلی دیدار و گفتگو و دلالت و نصیحت کند. لذا بامداد روز سه شنبه 22 بهمن 1281 ش، برابر با 11 ذیقعده 1320 ق، به همراه حدود 15 نفر تفنگچی خمین را به مقصد اراک (سلطان آباد) ترک کرد. دو روز زمان داشت تا مسافت هفتاد کیلومتری بین دو شهر را طی کند. روز اول بی خطر سپری شد. کاروان شب را در منزل «ورچه»، روستایی در میانه راه خمین به اراک به صبح رساندند. بامدادان نماز خوانده و خستگی راه را از تن شسته و صبح روز چهارشنبه 23 بهمن حرکت می کنند که بین راه نزدیکی «آب انبار» دو سواره پیش روی آنان ظاهر می شوند: جعفرقلی خان و رضاقلی سلطان. بعداز سلام و احوال پرسی (سید، آن دو را می شناخت و حتی به تقاضای آنان برای همراه شدن با او در این سفر، پاسخ رد داده بود. گویا از جایی هم شنیده بود که آن دو قصد جانش کرده اند.) به رسم ادب آبی (در بعضی منابع بجای آب، نبات آمده است) تعارف می کنند که در این بین جعفر قلی حمله کرده و با شلیک گلوله ای سید مصطفی را به شهادت می رساند.
با پیگیری خانواده، امین سلطان، صدر اعظم مظفرالدین شاه، سردار حشمت را ماموریت می دهد که قاتلان سید مصطفی خمینی را قصاص کند. قاتلان به قلعۀ یوجان در دو فرسنگی شهر خمین گریخته بودند. دسته ای از قشون حکومتی پس از چند روز محاصرۀ قلعه، درهای آن را گشودند و رضاقلی سلطان را مرده یافتند، ولی جعفرقلی خان را دستگیر کرده به تهران فرستادند. از طرف برخی اعیان حکومتی از جمله وزیر دربار، اقداماتی برای آزاد کردن قاتل صورت گرفت، اما مردم و علمای شهرهای تهران و اراک سخت بر قصاص او پای فشردند. پافشاری های مردم، علما و فرزندان و خانوادۀ سید مصطفی به سرپرستی مرحوم صاحبه خانم، عمۀ امام خمینی، دربار را به اعدام جعفرقلی خان مجبور کرد.
حکم اعدام بیست اردیبهشت 1284 ش، برابر با چهارم ربیع الاول 1323 ق، به اجرا درآمد و قاتل در میدان توپخانه تهران به دار آویخته شد. اعدام قاتل به دستور محمد علی میرزا، ولیعهد، صورت گرفت که امور کشور را در غیاب پدرش مظفرالدین شاه اداره می کرد.
بعداز ترور و به شهادت رسیدن پدر گرامی حضرت امام، همراهان سید شهید، با اندوه فراوان پیکی را به سلطان آباد (اراک) فرستادند و خبر شهادت عالم خمین را به مردم آن دیار رساندند. جمعیتی انبوه به استقبال جسم خونین سید مصطفی به دروازۀ شهر اراک آمدند و معتمدالسادات، عالم بزرگ دیار نیز شخصاً حاضر شده و جنازه را به قبرستان معروف اراک، «سر قبر آقای» (قبر آقا محسن اراکی) برده و به عنوان امانت دفن می کنند تا بعد به نجف برده شود. بعدها طبق وصیت جنازه را به نجف انتقال دادند.
محمد رجائی نژاد