مسجد محمدیه
در نزدیکی حرم حضرت معصومه(س)، مسجد کوچکی بود که مسجد محمدیه نامیده می‌شد. در حال حاضر این مکان تخریب شده و جزو شبستان امام خمینی حرم به حساب می‌آید. این مسجد چندین سال محل تدریس امام بوده و پس از این که تعداد شاگردان ایشان افزایش یافت، درس حضرت امام به محل مسجد سلماسی منتقل شد.
آیت‌الله واعظ‌زاده خراسانی در این خصوص نقل می‌کند:
درس خارج اصول حضرت امام خمینی که به درخواست آقای مطهری و بعضی دیگر تأسیس شده بود، در مسجد کوچه حرم، واقع در نزدیک حرم به طور مرتب، یک ساعت و نیم به غروب مانده شروع و تقریبا سه ربع ساعت به غروب تمام می‌شد، سپس حضرت امام با همه شاگردانشان دسته جمعی در مدرسه فیضیه یا مسجد عشقعلی در درس اصول استاد بزرگ حوزه و مرجع عالی‌قدر، آیت‌الله بروجردی حاضر می‌شدند و تا آنجا که من به یاد دارم، تا آخرین روزهای حیات مرحوم بروجردی، حضرت امام در آن درس شرکت می‌فرمودند، درحالی که خود، حوزۀ درس فقه و اصول چهارصد پانصد نفری را اداره می‌کردند و به طور قطع، درس امام در آن هنگام، پر رونق‌ترین درس حوزه شمرده می‌شد و با استعدادترین طلبه‌های جوان و روشن‌فکر را به خود جلب کرده بود. این، آن تواضع و خضوع علمی است که خاص فقها و علمای ربانی است.»
آیت‌الله یثربی امام فقید جمعه کاشان نیز در خاطرات خود از درس امام می‌فرمایند:
«این جلسه در یکی از مسجدهای نزدیک صحن تشکیل می‌شد و حضرت امام تعداد محدودی شاگرد داشتند. خوب یادم هست که مرحوم شهید استاد مطهری و فکر می‌کنم مرحوم شهید بهشتی و عده دیگری در آن درس شرکت می‌کردند. وقتی از آنجا رد می‌شدیم صدای بحث و جنجال بلند بود و معمولاً شاگردان همان روح اعتراض را داشتند و ایشان هم که استادی بزرگوار بودند، پاسخ می‌دادند. مثل اینکه هنوز آن صداها در گوشم است. درس‌هایشان، درسی بسیار عمیق بود که در عین حال، با بیانی ساده و همه کس فهم طرح می‌شد و طبیعتاً برای شاگردانشان لذت‌بخش بود. ایشان نظرات استادان دیگر را نقل می‌فرمودند و اگر نقصی، ایرادی یا انتقادی بر آن داشتند، طرح می‌کردند و بالاخره نظر شریف خودشان را بازگو می‌کردند.»