حرم حضرت معصومه
شاید در بدو امر این سؤال مطرح شود که حرم حضرت معصومه(س) چه انتسابی به حضرت امام دارد، ولی باید گفت ایشان انس و علاقه زیادی به حرم ائمه و حرم حضرت معصومه(س) داشتند. متواتر نقل شده است و بعدها نیز اکثریت افرادی که در نجف اشرف حضور داشته‌اند در خاطرات خود گفته‌اند که حضرت امام در ایام تبعید در نجف اشرف هر شب رأس ساعت معینی به حرم مولا امیرالمومنین(ع) وارد شده و به زیارت مشغول می‌شدند. این نوع زیارت کردن مدام و خصوصا خواندن ادعیه و زیارات از روی کتاب مفاتیح‌الجنان از اختصاصات حضرت امام بوده و کمتر کسی خصوصا در بین مراجع تقلید چنین مداومتی از خود نشان داده و حتی خواندن زیارت و ادعیه از روی کتاب را کسر شأن خود میدانستهاند. این سیره در زمان حضور در شهر قم و در جوار حرم حضرت معصومه هم ساری و جاری بوده است. امام همیشه پس از تدریس به حرم حضرت معصومه مشرف شده و زیارت می‌کرده‌اند. یکی از یاران امام می‌گوید:
اغلب موقع ظهر می‌دیدم که امام در مدرسه فیضیه در نماز جماعت حاضر می‌شدند و پشت سر مرحوم آقای آیت‌الله سید احمد شبیری زنجانی نماز می‌خوانند و هر وقت هم آقای زنجانی نبودند، حضرت امام بجای ایشان نماز می‌خواندند. حتی وقتی تابستان بود و هوا خیلی گرم، نماز جماعت ایشان ترک نمی‌شد. زمانی هم که در صحن بزرگ تدریس می‌فرمودند، هر روز بعد از درس به حرم مطهر حضرت معصومه(س) مشرّف می‌شدند. این عمل برای هر طلبه‌ای ممکن نبود. حتی من سراغ ندارم که مراجع بزرگ هم هر روز به زیارت حضرت معصومه(س) مشرّف شوند.
همچنین آیت‌الله سید حسن طاهری خرم‌آبادی نقل کرده‌اند: « هرروز عصر ایشان بعد از تدریس به حرم مشرف می‌شدند و به اندازه چهار- پنج دقیقه زیارت می‌کردند و بر می‌گشتند.
حجره‌های صحن حرم حضرت معصومه(س)
در اطراف صحن حرم حضرت معصومه حجره‌هایی در ابعاد مختلف ساخته شده که مقابر بزرگان در آنها قرار دارد. این حجره‌ها از قدیم‌الایام به عنوان محلی برای تدریس دروس اساتید مورد بهره‌برداری قرار گرفته است. هر استاد به تناسب تعداد شاگردان خود در این حجره‌ها به تدریس مشغول شده است. حضرت امام نیز در اوایل دوران تدریس خود از این حجره‌ها استفاده می‌کرده‌اند، ولی نکته جالب توجه این است که بر خلاف عرف شایع و معمول بین مدرسان که همگی به دنبال جذب شاگردان بیشتر هستند و به تناسب افزایش تعداد شاگردان اماکن وسیع‌تری را در نظر می‌گیرند، حضرت امام سعی می‌کردند حجره محل تدریس کوچک باشد و به اندازه‌ای وسعت داشته باشد که فقط تعداد محدودی از شاگردان که از لحاظ درک و فهم مطالب عرفانی و فلسفی مورد تأیید هستند بتوانند شرکت کنند. در این خصوص مناسب است به خاطرات حجت‌الاسلام والمسلمین علی دوانی توجه کنیم که از قول حضرت امام نقل می‌کنند:
وقتی من در صحن حضرت معصومه(ع) حکمت، درس می‌گفتم، حجره‌ای را انتخاب کرده بودم که حدود 17 نفر جا داشت. عمداً چنان جایی را انتخاب کرده بودم که بیشتر نیایند. به آنها که می‌آمدند و افراد خاص و شناخته شده‌ای بودند هم می‌گفتم درس مرا بنویسید و بیاورید. اگر دیدم فهمیده‌اید، اجازه می‌دهم بیایید و گرنه شما نباید فلسفه بخوانید چون مطالب را درک نمی‌کنید و باعث زحمت خواهید شد. هم زحمت خودتان و هم زحمت من! چون خواهید گفت که ما پیش فلانی فلسفه خوانده‌ایم.